黄檗在洪州高安县鸶峰山建寺弘法，并改其名为黄檗山，往来学众云集，会昌二年(842年)裴休在钟陵(今江西)，迎请黄檗禅师上山，安置在龙兴寺，旦夕问道，并随录日常对话成集，为《钟陵绿》。大中二年(848年)裴休移镇宛陵(今安徽宣城县)，又请黄檗至开元寺，随时间道，并记绿为《宛陵绿》，即是现行的《传心法要》大中四年(850)圆寂于宛陵开元寺，赐谧号“断际禅师”，塔号。“广业”。有《语录》、《传心法要》问世。他的法嗣有临济义玄，睦州陈道明等十二人，以义玄为最。
黄檗希运禅师开创了临济宗禅风。临济宗风最为强劲，其禅法特色，影响久远，成为中国禅宗中波及面最大、渗透力最强的宗派。 先游天台，后至上都（西安），行乞时，遇一老妪，问答之间，希运“玄门顿而荡豁”。老妪介绍他至江西参马祖道一。至南昌道一已逝，乃瞻礼祖塔，遇百丈怀海于塔傍，乃参之。从此，投于怀海门下。据《古尊宿语录》卷二载，希运曾向怀海请问道一平日的机缘，怀海向他说起“竖拂”被喝、三日耳聋的一段公案：我再参马大师侍立次，大师顾绳床角拂子。我问即此用，离此用。大师云：“汝他后开两片皮，将何为人？”我取拂子竖起。大师云：“即此用，离此用。”我挂拂子旧处，被大师震威一喝，我直得三日耳聋。其时，希运闻是语不觉吐舌。怀海说： “子已后莫承嗣马大师去否？”运云：“不然。今日因师举，得见马祖大机大用。且不识马祖，若嗣马祖已后丧我儿孙。”海云：“见与师齐减师半德，子甚有超师之作。”希运见地高拔时辈，颇受百丈怀海的赏识。《景德传灯录》载有师徒二人初次见面的一段话：问曰：“从上宗乘如何指示？”百丈良久。师云：“不可教后人断绝去也。”百丈云：“将谓汝是个人。”乃起入方丈。师随后入云：“某甲特来。”百丈云：“若尔，则他后不得孤负吾。”
可以看出，怀海起初对希运不甚了解，持保留态度，后见希运见解超迈，便寄予厚望。从日后百丈怀海对希运的评价便可看出这一点：
百丈一日问师：“什么处去来？”曰：“大雄山下采菌子来。”百丈曰：“还见大虫么？”师便作虎声。百丈拈斧作斫势，师即打百丈一掴。百丈吟吟大笑便归。上堂谓众曰：“大雄山上有一大虫，汝等诸人也须好看，百丈老汉今日亲遭一口。”
希运于怀海处悟得道一大机大用，并得印可。后来希运回到黄檗山，“四方学徒，望山而趣，睹相而悟，往来海众常千余人。”会昌二年（842），希运被当时任钟陵（今江西进贤县）廉镇的裴休迎请至钟陵龙兴寺，躲过了会昌法难。大中二年（848）裴休移镇宛陵（今安徽宣城县），又迎请希运至开元寺，朝夕参扣，并记录其开示法语，辑为《黄檗希运禅师传心法要》和《宛陵录》。这是我们今天研究黄檗希运及早期临济思想的重要史料。裴休曾有诗赠希运：
自从大师传心印，额有圆珠七尺身。挂锡十年栖蜀水，浮杯今日渡漳滨。一千龙象随高步，万里香华结胜因。拟欲师事为弟子，不知将法付何人。
希运云：
心如大海无边际，口吐红莲养病身。自有一双无事手，不曾只揖等闲人。
于此可见希运见地风骨。希运在黄檗山开张门户，说法接人，四方学徒，海众奔凑，“自尔黄檗门风盛于江表。”大中年间，希运示化，谥号“断际禅师”。
唯说一心。千说万说只教人莫错用。“一心”，分别即魔，忘机即佛。今本州黄檗山上万福寺，有赵朴初会长写的对联：“万劫婆心，原来佛法无多子；福田种智，重见圆珠七尺身。”这是对禅师弹风的高度概括。黄檗婆心切，以打、骂、喝交加，截断学人情解，独树洪州禅风，经久不衰，具有独特的魅力和吸引力，特别是在日本，黄檗宗多次在万福寺举行会议，并成立中日临济黄檗协会，为当今中日两国人民的友谊架起了一座桥梁。黄檗禅师的功绩在佛教史上永远是熠熠生辉的。
希运的禅学思想主要是继承马祖道一“即心即佛”的思想，而力倡“心即是佛”。他说：诸佛与众生，唯是一心，更无别法。此心无始已来，不曾生，不曾灭，不青不黄，无形无相。不属有无，不计新旧，非长非短，非大非小，超过一切限量、名言、踪迹、对待。当体便是，动念即差。犹如虚空，无有边际，不可测度。惟此一心即是佛，佛与众生更无差异。
自惠能起，“即心即佛”说便为天下学禅者普遍接受，成为人所共知的事实。从达摩来东土传法，即倡导要直指人心，见性成佛，将心等同于佛，这是禅宗的一贯主张。希运说：“达摩大师到中国，唯说一心，唯传一法，以佛传佛，不说余佛，以法传法，不说余法。”但许多学禅者，舍本逐末，妄求佛法，希运批评说：“如今学道人，不悟此心体，便于心上生心，向外求佛。”众生着相外求，“求之转失，使佛觅佛，将心捉心，穷劫尽形，终不可得。不知息念忘虑，佛自现前，此心即是佛，佛即是众生。为众生时，此心不灭，为诸佛时，此心不添，乃至六度万行，河沙功德，本自具足，不假修添，遇缘即施，缘息即寂。”即心是佛，心外无佛。希运极力反对“向外求佛”，力戒对佛法的见闻知解，他说：“古人心利，才闻一言，便乃绝学，所以唤作绝学无为道人。今时人只欲得多知多解，广求文义，唤作修行，不知多知多解，翻成雍塞。”追求知解，不仅不能悟彻佛法，反而成为悟道之障缘。因为“此本源清净心，常自明遍照。世人不悟，只认见闻觉知为心。为见闻觉知所覆，所以不睹精明本体。”如此，则导致“求知见者如毛，悟道者如角。”希运认为，求知解是使人与道相隔绝的主要原因，所谓“只怕一念有，即与道隔矣。”世人妄以世智辩聪来知解佛理，不曾想，佛之真谛恰恰被淹没于知解见闻之中。所以希运说：“我此禅宗，从上相承以来，不曾教人求知求解。”即使有时教人“学道”，也只是一种“接引之词”。道不属修，佛不可觅，情存学解，便成迷道。希运继承道一、怀海之说，视一切语言文字、分辨知解为障道之缘，“所以佛出世来，热除粪器，蠲除戏论之粪，只教你除却从来学心见心。”并告诫随其学法的裴休说：“若形纸墨，何有吾宗！”
既然“即心是佛”，那么应如何来体认这颗心？如何来见道呢？希运提出了“无心是道”的主张，他认为“即心是佛，无心是道。但无生心动念、有无长短、彼我能所等心，心本是佛，佛本是心。”心体净明，犹如虚空，具足一切功德，不假修添，所以，“举心动念，即乖法体”，在此意义上，马祖道一从否定的角度提出了“非心非佛”说，而希运在这里则以“无心”来取代。道一在否定之后提出了“平常心是道”说，而希运则不再另立“平常心”，直接指出“无心是道”，这就指出了修行实践中的途径和方法。希运说：“但直下无心，本体自现，如大日轮升于虚空，遍照十方更无障碍。”希运以“无心”为纲要，反复强调“无念”、“无求”，以证佛果，这又回归于《坛经》提倡的“以无念为宗”的法门。“万法唯心，心亦不可得”，因此，不可将心更求于心。若以心求心，以佛求佛，无异于头上安头，角上安角，所以希运认为“不如当下无心，便是本法，”“唯直下顿了自心本来是佛，无一法可得，无一行可修，此是无上道，此是真如佛”。无心可用，无道可修，学道者“但能无心，便是究竟。学道人若不直下无心，累劫修行终不成道，被三乘功行拘系，不得解脱。”希运认为，悟道无须通过外在的修习工夫，而只是人与道之间的“默契”。他说：“学道人直下无心，默契而已。”这便是无为法门，能悟得此法门者，被称为“无心道人”、“无为道人”。希运十分推崇达到这一境界的“自在人”，他说：
供养十方诸佛，不如供养一个无心道人。何故？无心者，无一切心也。如如之体，内如木石，不动不摇，外如虚空，不塞不碍。
希运特别强调在实际生活中“无心”的运用，他说“终日吃饭，未曾咬着一粒米；终日行，未曾踏着一片地。与么时，无人我等相，终日不离一切事，不被诸境惑，方名自在人。”认为只要在一切时中行住坐卧，但学无心，不起分别，不着一相一物，亦无依倚，亦无住着，方名解脱。他说：“学道人，若欲得成佛，一切佛法总不用学。唯学无求无着，无求即心不生，无着即心不灭，不生不灭即是佛。”
希运将“即心是佛”与“无心是道”结合起来构成其完整的禅学思想，这一思想直接贯彻了早期禅学《楞伽经》中的如来藏思想，即认为佛性“人皆有之，蠢动含灵与诸佛菩萨，一体不异。”圆满具足，更无所欠，大道平等，含生同一真性，但要识此本性，还须直下无心。如来藏思想与无心学说的结合，便是希运的“空如来藏”说。他说：“从前所有一切解处，尽须并却令空，更无分别，即是空如来藏。”“道场者，只是不起诸见，悟法本空，唤作空如来藏。”希运这一“空如来藏”说的提出，不仅使他的禅不致落于虚空，而保持自然直下任用的风格，而且也避免堕入“断灭空”的境地。他主张“心境双忘”，而以“忘心”为根本。“忘境犹易，忘心至难”，而“愚人除事不除心，智者除心不除事”。这是希运“空如来藏”的核心内容。在这一思想中，希运特别发挥了“灵性不灭”和“本无所有”的观念。他曾指导凡人临终前的观法：但观五蕴皆空，四大无我，真心无相，不去不来。生时性亦不来，死时性亦不去，湛然圆寂，心境一如，但能如是直下顿了，不为三世所拘系，便是出世人也。
心之本体，觉性灵明，是永恒的本真，其余四大、五蕴、三界六道，皆为其起心动念之产物，故虚幻不实。正是在强调空无一切的情况下，希运讲了只有在惠昕以后的《坛经》中才出现的一些言论。如惠能在大庾岭上对追赶他的惠明说：“不思善，不思恶，正当与么时，还我明上座父母未生时面目来！”惠明于言下顿悟，礼拜云：“如人饮水，冷暖自知。”又如将惠能之得法偈记为“本来无一物，何处有尘埃？”这都表明希运禅学思想的创新和发展，并未一味地简单承袭道一、怀海的禅法。《宛陵录》中记载了希运关于禅的意境的描述：语默动静，一切声色尽是佛事，何处觅佛？不可更头上安头，嘴上加嘴。但莫生异也。山是山，水是水，僧是僧，俗是俗；山河大地，日月星辰，总不出汝心。三千世界，都是汝自己，何处有许多般。心外无法，满目青山，虚空世界，皎皎地无丝发许与汝作见解。一切声色尽是佛事，若学道者不即不离，不住不着，纵横自在，那么，行住坐卧，语默动静，皆为道场。
临济宗风峻烈，希运于此亦开启良多。他见地高拔时辈，自恃甚高，傲岸独立，雄视天下禅师，曾言：“大唐国内无禅师”，语惊四海。仰山慧寂曾评其禅法为“黄檗有陷虎之机”，因为希运之禅特别强调上乘根基的顿悟，他的禅门并不向中下根机者开启。他常对门下说：“若会即便会，若不会即散去。”有人问“如何是西来意”时，“师便打，自余施设，皆被上机，中下之流莫窥涯埃。”在接化学人方面，他完全承接由马祖发端的喝、打等手段。上堂示众云：“汝等诸人，……尽是吃酒糟汉，恁么行脚，取笑于人。但见八百一千人处便去，不可只图热闹也。”临济禅创立者义玄当年更衣游方，首参希运。《景德传灯录》中记载义玄在希运处得法的经过：
初在黄檗，随众参侍。时堂中第一座勉令问话，师乃问：“如何是祖师西来意？”黄檗便打。如是三问，三遭打。
在此机锋棒喝间，希运已将心法传与义玄，并预示义玄将来必为禅门领袖，他对义玄云：“吾宗到汝，大兴于世。”又云：“子将但去，已后坐断天下人舌头在。”日后的义玄开创临济禅完全继承了希运的门风。《临济录》载：僧问：“如何是佛法大意？”师竖起拂子，僧便喝，师便打。又僧问：“如何是佛法大意？”师亦竖起拂子。僧便喝，师亦喝。僧拟议，师便打。
真正是风雷激荡，棒喝交施。义玄亦自述说：“我在黄檗处，三度发问，三度被打。”临济宗卷舒擒纵、杀活自在的宗风是与希运分不开的。
希运是由洪州禅向临济禅发展过渡的关键人物，他承接了马祖道一的法统，据《仰山慧寂禅师语录》载，沩山曾问仰山云：“马祖出入十四人善知识，几人得大机，几人得大用？”仰山答曰：“百丈得大机，黄檗得大用，余者尽是唱导之师。”希运在中国禅宗史上的地位不仅在于他是洪州禅的继承者，更重要的是他的禅法直接影响了临济禅的形成，是临济法门的先驱。《人天眼目》卷一载，日后义玄初至河北住院，便公开宣称：“我欲于此建立黄檗宗旨。”希运这一承前启后的历史影响奠定了他在禅学史上的地位。
裴休曾师事希运多年，他在《传心法要》序中，曾对希运的禅法作过总结性的评价：独佩最上乘，离文字之印，唯传一心，更无别法，心体亦空，万缘俱寂。如大日轮升虚空中，光明照耀，净无纤埃。证之者无新旧、无浅深；说之者不立义解，不立宗主，不开户牖。直下便是，运念即乖，然后为本佛。故其言简，其理直，其道峻，其行孤。可谓相濡以沫之论断。