建炎二年，知江州，入为祠部郎，迁左司。尝言：“中原未复，所恃长江之险，淮南实为屏蔽。沃野千里，近多荒废，若广修农事，则转饷可省，兵食可足。”自是置局建康，行屯田於江淮。又应诏陈五事，曰：远斥堠，戢戍兵，防海道，援中原，修军政。擢工部侍郎。　　时川、陕马纲路通塞不常，肖胄请於广西邕州置司，互市诸蕃马，诏行之。时召侍从问战守计，肖胄条奏千余言，帝称其所对事理简当。吏部尚书席益叹曰：“援古证今，切于时用，非世官不能也。”　　绍兴二年，诏百官各言省费裕国、强兵息民之策，肖胄言：“天下财赋窠名，旧悉隶三司，今户部惟有上供之目而已。问诸路窠名于户部，户部不能悉，问诸州窠名于漕司，漕司不能悉，失一窠名，则此项遂亡。愿诏诸路漕司，括州县出纳，可罢罢之，可并并之，立为定籍。漕司总诸州，户部总诸路，则无失陷矣。经费之大，莫过养兵。今人亡而冒请者众，愿立诸军核实之法，重将帅冒请之罪，则兵数得实，饷给不虚，省费裕国，此其大者。生民常赋之外，迫以军期，吏缘为奸，敛取百端。复为寇所迫逐，田桑失时，寇去复业，未及息肩，催科之吏已呼其门矣。愿诏郡邑，招集流散，官贷之种，俟及三年，始责其赋，置籍书之，以课殿最，强兵息民，此其先者。”时多所采纳。又请复天地、日月、星辰、社稷之祀，於是下有司定一岁祭礼。　　迁吏部侍郎，时条例散失，吏因为奸，肖胄立重赏，俾各省记，编为条目，以次行之，舞文之弊始革。阵亡补官，得占射差遣，而在部常调人，守待不能注授，且有短使重难。肖胄请阵亡惟许本家用恩例，异姓候经任收使，遂无不均，且严六部出入之禁，而请托不行。　　三年，拜端明殿学士、同签书枢密院事，充通问使，以胡松年副之，肖胄慨然受命。时金酋粘罕专执政，方恃兵强，持和战离合之策，行人皆危之。肖胄入奏曰：“大臣各循己见，致和战未有定论。然和乃权时之宜，他日国家安强，军声大振，誓当雪此仇耻。今臣等行，或半年不返命，必复有谋，宜速进兵，不可因臣等在彼而缓之也。”将行，母文语之曰：“汝家世受国恩，当受命即行，勿以我老为念。”帝称为贤母，封荣国夫人。　　肖胄至金国，金人知其家世，甚重之，往返才半年。自帝即位，使者凡六七年未尝报聘，至是始遣人偕来。肖胄先北使入对，与朱胜非议不合，力求去，以旧职知温州，提举临安府洞霄宫。　　五年，诏问前宰执战守方略，肖胄言：“女真等军皆畏服西兵劲锐善战，今三帅所统多西人，吴玠继有捷奏，军声益振，敌意必摇，攻战之利，臣固知之。自荆、襄至江、淮，绵亘数千里，不若择文武臣僚按行计度，求险阻之地，屯兵积粮，则形势相接。今淮东、西虽命宣抚使，然将屯置司，乃在江上，所遣偏裨分守，不过资以轻兵，势孤力弱，难以责其固志。当移二将于江北，使藩篱可固。”又言：“诸大将之兵自主庭户，更相仇疾。若欲并遣进攻，宜先命总帅，分以精锐，自成一军，号令既一，则诸将畴敢不听命。畿甸、山东、关河之民怨金人入骨，当以安集流亡，招怀归附为先，今淮南、江东西荒田至多，若招境上之人，授田给粮，捐其赋租，必将接迹而至。”又奏：“江之南岸，旷土甚多，沿江大将各分地而屯，军士旧为农者十之五六，择其非甚精锐者，使之力耕，农隙则试所习之技艺，秋成则均以所种之禾麦，或募江北流徒及江南无业愿迁之人分给之，创为营屯。止则固守，出则攻讨。”起知常州，召赴行在，提举万寿观，寻除签书枢密院事。　　和议已定，复命肖胄为报谢使。接伴者逆于境，谓当称谢恩使。肖胄论难三四反，遂语塞。既至，金遣人就馆议事，肖胄随问随答，众皆耸听。其还，给毡车及顿递宴设，自肖胄始。　　除资政殿学士、知绍兴府。寻奉祠，与其弟膺胄寓居于越几十年。事母以孝闻，弟不至不食，所得恩泽，皆先给宗族。卒，年七十六，谥元穆。　　琦守相，作昼锦堂，治作荣归堂，肖胄又作荣事堂，三世守乡郡，人以为荣。