吴锡麒天姿超迈，吟咏至老不倦，能诗，尤工倚声，诗笔清淡秀丽，古体有时藻采丰赡，代表作如《双忠祠》、《凤凰山怀古》、《观夜潮》、《读放翁集》等。在浙派诗人中，能继朱（彝尊）、杭（世骏）、厉（鹗）之后，自成一家。亦能词，但不如其诗和骈体文的著名。吴锡麒骈文颇著称，吴鼒称赞说：“不矜奇，不恃博，词必泽于经史，体必准乎古初，……合汉魏六朝唐人为一炉冶之。”（《八家四六文钞》）与邵齐焘、洪亮吉、刘星炜、袁枚、孙星衍、孔广森、曾燠并称骈文八家。晚年登门求诗者，络绎不绝。 兼工书法，尤其擅长行书、楷书。代表作如《务本论》、《岳飞论》、《与袁简斋前辈书》、《苏文忠公诗合注序》、《湖心泛月记》等。吴锡麒的书法作品为中华人民共和国国家文物局公布为“精品和各时期代表作品不准出境者”。
著有《有正味斋集》73卷。凡诗集16卷，诗续集8卷，外集5卷；骈体文集24卷，骈体文续集8卷；词集8卷，词续集2卷，词外集2卷。有嘉庆间刻本。另有《有正味斋文续集》、《有正味斋尺牍》、《有正味斋曲》、《有正味斋南北曲》、《有正味斋诗》、《有正味斋诗集》、《有正味斋赋稿》等。《藤花曲话》记吴锡麒所作南北曲，“亦复妙墨淋漓”。有《渔家傲》传奇，演汉代严子陵故事，已佚。
江南三月听莺天，买酒莫论钱。
晚笋余花，绿阴青子，春老夕阳前。
欲寻旧梦前溪去，过了柳三眠。
桑径人稀，吴蚕才动，寒倚一梯烟。
春波软荡红楼水，多时不放莺儿起。
一样夕阳天，留寒待禁烟。
已是人消瘦，只此情依旧。
可奈别离何，明朝杨柳多。
说相思，问相思，枫落吴江雁去迟。
天寒二九时。
怨谁知?
梦谁知?
可有梅花寄一枝?
雪来翠羽飞。
月黑星移灯屡闪，依稀打过初更。
清游如此太多情。
豆花凉帖地，知雨咽虫声。
渐逼疏蓬风淅淅，几家茅屋都扃。
茨茹荷叶认零星。
不知潮欲落，渔梦悄然生。
铁马金戈梦不成，熏炉茗碗寄余情。苏黄以外无其匹，梁益之间老此生。
击贼未忘垂钓日，临终如唱渡河声。长吟直与精灵接，千亿梅花坐月明。
