黄宗羲一生著述大致依史学、经学、地理、律历、数学、诗文杂著为类，多至50余种，300多卷，其中最为重要的有《明儒学案》、《宋元学案》、《明夷待访录》、《孟子师说》、《葬制或问》、《破邪论》、《思旧录》、《易学象数论》、《明文海》、《行朝录》、《今水经》、《大统历推法》、《四明山志》等。黄宗羲生前曾自己整理编定《南雷文案》，又删订为《南雷文定》、《文约》。黄宗羲的《明儒学案》以及其后开始草创，并由后人和学生共同合作完成的《宋元学案》这两部著作在中国史学史上有非常重要的地位，他开创了中国史学上的新体裁，即“学案体”。学案体以学派分类的方式介绍一定时代的学术史，这种体裁被清人取用，成为编写中国古代学术史的主要方式。

　　浙江古籍出版社2005年刊印的《黄宗羲文集【增订版】》（12册），精装，沈善洪主编，吴光执行主编，是目前收集黄宗羲诗文最全的版本。